马里医疗卫生条件差,缺医少药情况严重,尤以农村和边远地区为甚。
马里热带流行病多见,恶性疟疾、霍乱、脑膜炎以及各种儿童疾病猖獗。2009年,疟疾发病率26.84%, 0-5岁儿童脊髓灰质炎发病率低于十万分之二,肺结核诊断率29%,麻风病例万分之一,艾滋病感染率为1.3%。建议来马前在出入境防疫中心接种建议疫苗。注意饮食起居、加强体育锻炼,增强身体免疫力,注意防蚊虫叮咬。日常自备防疟药品,遇有发热及忽冷忽热现象及时就医,防止疟疾漏诊。勤洗手,注意饮食卫生,防止病从口入。
截至2013年,马里拥有医院70家(其中国家级4家,大区级6家),市镇卫生中心826个。首都巴马科主要医疗机构有法国巴斯德诊所、杜尔医院、G 点医院、卡地医院、马里综合医院等。其中马里综合医院为中国援建,建筑面积7216平方米,150张床位,2010年9月医院交付使用。根据中马双方协议,第23批援马医疗队全体医护人员现在该医院执行援马医疗任务。此前的21批医疗队人员曾经分别在卡地、锡加索和马尔卡拉三所医院工作。
马里人民药房(Pharmacie Populaire du Mali)为马里最大的连锁药店。另外私人药店较多,中国人经营的多家药店均以批发为主。
马里第三共和国成立后,为减轻国家财政负担对公费医疗制度进行了改革:公务员就医,国家报销80%住院费,其余自理;非公务员就医费用自理。2011年5月1日起,马里进行医疗保险重大改革,推行强制医疗保险(AMO),由国家、雇主、个人定期按工资3.06%(退休人员0.75%)缴费建立公基金,由马里社会发展、互助和老龄部社会保险署(INPS)统筹,具体由马里医疗保险局(CANAM)管理,该医疗保险体系将报销参保病人70%的药费,80%的住院费。保险不仅覆盖投保人,还包括其直系亲属。