南苏丹首都朱巴是南苏航空枢纽,提供国内、国际民航、货运和商业包机服务。目前朱巴仅有飞苏丹首都喀土穆、埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴、肯尼亚首都内罗毕、乌干达首都坎帕拉和埃及首都开罗的往返国际航班。国内各主要城镇设有简易机场,运营国内航线。
1、 朱巴-内罗毕航线
目前有2家航空公司,分别是肯尼亚航空(每天2班)和Fly 540(每天2班)。
2、 朱巴-亚的斯亚贝巴航线
埃塞俄比亚航空,每天2班。
3、 朱巴-喀土穆航线
Marsland航空,每天1班。
4、朱巴-坎帕拉航线
乌干达航空,每天2班。
5、朱巴-开罗航线
埃及航空,每天1班。
南苏丹各州间有长途客车,但车辆陈旧,道路多为土路,路况差,雨季期间不少道路无法通行。新修建的朱巴至尼穆莱(南苏丹、乌干达边境)公路是目前商品进出口的主要通道。
南苏丹有一条长248公里的铁路,从瓦乌通向苏丹。但因多年内战及南北苏丹关系紧张,该铁路已停运。
南苏丹为内陆国,尼罗河是其唯一水路航道。内河航运可自朱巴一直北上,直抵苏丹喀土穆。但同样由于南北苏丹紧张关系,该航道也已关闭。
朱巴无公交系统。仅有周边国家商人经营的13座面包车往返载客,车况差,事故频发。当地人多选择被称为“Boda Boda”的摩托车作为市内交通工具。