吉海关总署下设13个海关。除全国7州1市均设有海关外(楚河州辖区内有托克马克和卡拉巴尔达两个海关),玛纳斯国际机场和比什凯克自由经济区也分别设有两个海关机构;此外还有“北方海关”和“动力海关”。中吉边境的两个陆路公路口岸—吐尔尕特口岸和伊尔克什坦口岸分别位于纳伦海关和奥什海关辖区。
中国公民赴吉时可携带普通随身物品、便携式电子产品等。携带少量的药品须持有药品说明书(英/俄),但不能携带诸如人参等中草药。不可携带武器弹药、麻醉品及精神药物、毒品以及可能危害吉公共安全与正常秩序的宣传品、光碟等。出入境时随身携带4,000美元以下现金,无需报关,超出时需在入境时申报。携1万美元以上现金出境时,需报关纳税。
特别提醒:携带较大数额现金入境者,最好主动申报,以免在出境时被追缴罚款或没收。