2011年中吉关系保持稳定发展势头,各层次交往密切。4月5-9日,吉第一副总理巴巴诺夫访华,分别会见国家副主席习近平、国务院副总理王岐山,就吉国内形势、中吉关系、两国务实合作、上海合作组织等问题交换意见。访华期间,巴还访问新疆维吾尔自治区,与自治区主席努尔·白克力举行会见。4月25-26日,中国国务委员孟建柱访吉,分别会见吉总统奥通巴耶娃,副总理阿塔汉诺夫,就中吉关系、安全及护法领域合作等问题交换意见。5月7日,中、吉、塔(吉克斯坦)三国在新疆喀什举行“天山2号”上合组织成员国执法安全机构联合反恐演习。5月13日,外交部长杨洁篪出席上合组织外长会议期间与吉外长卡扎克巴耶夫举行双边会晤。6月14日,国家主席胡锦涛在阿斯塔纳出席上合组织十周年峰会期间与吉总统奥通巴耶娃举行双边会见。6月23日,新疆克孜勒苏柯尔克孜自治州州长帕尔哈提·吐尔地访吉,会见吉总统奥通巴耶娃,就两地教育、文化、旅游、医疗合作等问题交换意见。8月7日,中央统战部常务副部长朱维群访吉,会见吉总统办公厅主任卡普塔加耶夫,就宗教、民族等问题交换意见。9月1-4日,吉总统奥通巴耶娃在乌鲁木齐出席首届中国—亚欧博览会,与国务院副总理李克强、新疆维吾尔自治区党委书记张春贤举行会见并出席“吉尔吉斯斯坦文化日”活动。9月14日,吉总理阿塔姆巴耶夫在大连出席2011夏季达沃斯论坛,与温家宝总理举行双边会见。9月25-30日,由吉政府、新疆维吾尔自治区政府和中国驻吉使馆联合举办的“中国文化周”大型文化交流活动在吉举行。吉总统奥通巴耶娃、副总理朱努索夫、新疆维吾尔自治区政协副主席买买提艾山·托乎达力出席有关活动。11月3日,国家主席胡锦涛致电阿塔姆巴耶夫祝贺其当选吉尔吉斯共和国总统。11月30日至12月1日,胡锦涛主席特使、全国人大副委员长司马义·铁力瓦尔地访吉并出席吉新总统就职仪式,分别会见吉新总统阿塔姆巴耶夫、议长克尔季别克夫、卸任总统奥通巴耶娃。
2012年两国关系继续快速稳步发展。1月5日,中国国家主席胡锦涛与吉总统阿塔姆巴耶夫、杨洁篪外长与吉外长卡扎克巴耶夫分别互致贺电,庆祝两国建交20周年。1月10日,胡锦涛主席特使、全国人大常委会副委员长陈至立访吉,会见了吉总统阿塔姆巴耶夫和议长热恩别科夫,在吉前总统奥通巴耶娃陪同下出席比什凯克人文大学孔子学院举办的与吉青年见面活动,并与吉外长卡扎克巴耶夫共同出席了中国驻吉使馆与吉外交部联合举办的庆祝两国建交20周年招待会。4月5日,吉政府总理巴巴诺夫出席中国援建吉国防部军官宿舍奠基仪式。4月15-18日,中国全国人大内务司法委员会副主任委员陈建国访吉,与吉副议长萨瑟克巴耶娃会见。5月10日,赴北京出席上合组织外长理事会会议的吉外长卡扎克巴耶夫会见杨洁篪外长。5月11日,卡扎克巴耶夫外长参加了上合组织成员国外长与胡锦涛主席的集体会见。6月5-7日,吉总统阿塔姆巴耶夫正式访华并出席上合组织元首理事会第十二次会议,胡锦涛主席与阿举行会谈,共同签署《中华人民共和国和吉尔吉斯共和国联合宣言》,并出席有关双边文件签字仪式。吉方在此次峰会上正式从中国手中接过上合组织旗帜,成为该组织轮值主席国。6月上旬和中旬,参加上合组织“和平使命-2012”联合反恐军演的中方兵力顺利过境吉尔吉斯斯坦。6月15日,中国人民解放军副总参谋长马晓天率团访吉,会见了吉总统阿塔姆巴耶夫。8月17-19日,中国全国人大民族委员会主任委员马启智访吉,会见吉议长热恩别科夫,就加强两国议会合作交换意见。9月1-2日,吉总统阿塔姆巴耶夫赴乌鲁木齐出席第二届中国—亚欧博览会,其间与温家宝总理举行会见。9月9-11日,中国国务院副总理回良玉访吉,与吉总统阿塔姆巴耶夫、议长热恩别科夫和总理萨特巴尔季耶夫分别会见,双方就双边关系进行了讨论。10月12-14日,中国外交部副部长谢杭生访吉,分别会见吉外长阿布德尔达耶夫、副外长伊萨耶夫,就双边关系和两国领事合作等交换意见。10月24日,中国首任驻奥什总领事吴颖钦来吉赴任,向吉常务副外长卡德尔别科夫递交了中方领事委任书,并接受了吉方颁发的领事证书。11月15日,吉总统阿塔姆巴耶夫致信中国国家主席胡锦涛,祝贺中共十八大成功举行,阿同时致信习近平祝贺其当选新一届中共中央总书记。12月4-5日,中国国务院总理温家宝访吉并出席上合组织成员国政府首脑(总理)理事会第十一次会议,其间与吉总统阿塔姆巴耶夫和总理萨特巴尔季耶夫举行会见和会谈。温家宝总理时隔8年再次访吉,对深化两国各领域互利合作,推动中吉睦邻友好关系发展具有重要意义。